Ο Όσιος Νικόδημος γεννήθηκε στη Νάξο το έτος 1749 μ.Χ. από γονείς ευσεβείς και ενάρετους, τον Αντώνιο και Αναστασία Καλλιβούρση (η οποία εμόνασε στην Ιερά Μονή Χρυσοστόμου Νάξου, με το όνομα Αγάθη).
Το κατά κόσμον όνομά του ήταν Νικόλαος και από μικρός έδειχνε ότι ήταν άνθρωπος μεγάλης αρετής και φοβερής ευφυΐας. Τα πρώτα του γράμματα τα έμαθε στη Νάξο και έπειτα στη σχολή της ίδιας πόλης επέκτεινε τις γνώσεις του, με δάσκαλο τον αδελφό του Αγίου Κοσμά του Αιτωλού, Αρχιμανδρίτη Χρύσανθο. Κατόπιν 16 χρόνων πήγε στην Ελληνική σχολή της Σμύρνης, όπου κοντά σε φημισμένους διδασκάλους έλαβε ανώτερη παιδεία και αρετή.
Μετά από ορισμένες περιπέτειες, το 1775 μ.Χ. πήγε στο Άγιον Όρος. Εκεί, στη Μονή του Άγιου Διονυσίου εκάρη μοναχός με το όνομα Νικόδημος. Οι Πατέρες της Μονής, που διέκριναν τα μεγάλα φυσικά και επίκτητα χαρίσματα του Νικόδημου, τον διόρισαν αναγνώστη και γραμματέα της Μονής. Στη Μονή αυτή ο Νικόδημος, υπήρξε υπόδειγμα διακονίας και πράξεων αρετής. Έπειτα αποσύρθηκε σε κάποιο κελί, όπου με ασκητικό τρόπο, επιδόθηκε στη μελέτη και συγγραφή πολλών οικοδομητικών, θεολογικών και αγιολογικών βιβλίων. Μεταξύ αυτών είναι ο «Συναξαριστής», το «Εορτοδρόμιον», η «Νέα Κλίμακα», ο «Αόρατος Πόλεμος» και άλλα πολλά.
Τελικά μετά από διάφορες περιπέτειες, που υπέστη στη βραχύχρονη ζωή του, απεβίωσε από ημιπληγία, σε ηλικία 60 χρονών, τις πρώτες ορθρινές ώρες της 14ης Ιουλίου του έτους 1809 μ.Χ. στο κελλί των Σκουρταίων, στις Καρυές του Αγίου Όρους. Τα τελευταία του λόγια ήταν η απάντηση που έδωσε στους μαθητές του όταν τον ρώτησαν αν ησυχάζει: «Τον Χριστό έβαλα μέσα μου και πως να μη ησυχάσω;». Ενταφιάστηκε στο Λαυριωτικό Κελί των Σκουρταίων στις Καρυαίς του Άγιου Όρους, αφήνοντας πίσω του ένα τεράστιο πνευματικό συγγραφικό έργο, που σήμερα αποτελεί κεφάλαιο για τον λαό της Ορθόδοξης Εκκλησίας.
