Παρά το γεγονός ότι δεν έχει ασκηθεί καμία ποινική δίωξη σε πρόσωπα -τουλάχιστον μέχρι στιγμής- για την υπόθεση των καταγγελιών κακοποίησης και εκμετάλλευσης, εντούτοις οι εισαγγελείς ανηλίκων, εξέδωσαν τη συγκεκριμένη διάταξη απαγόρευσης προσέγγισης των δομών της Κιβωτού τόσο στον πατέρα Αντώνιο όσο και σε αυτούς που απομακρύνθηκαν με απόφαση του νέου Διοικητικού Συμβουλίου.
Πρόκειται για τον ιρακινό πρώην διευθυντή της ΜΚΟ, τον 35χρονο θεολόγο Πασχάλη και τη σύζυγό του, η οποία ήταν κοινωνική λειτουργός στη δομή της Πωγωνιανής Ιωαννίνων και μέλος του προηγούμενου ΔΣ, και δύο ακόμη πρόσωπα που έχουν πλέον απολυθεί.
Η εισαγγελική εντολή για απαγόρευση προσέγγισης στις δομές στηρίζεται σε διάταξη του άρθρου 1532 του Αστικού Κώδικα, που δίνει το δικαίωμα στον εισαγγελέα ανηλίκων να λάβει κάθε πρόσφορο μέτρο που διασφαλίζει τη σωματική και ψυχική υγεία των ανηλίκων.
