Γεννήθηκε στα Χανιά, το 1890. Οι γονείς του, απλοί και ευλαβείς χωρικοί, πέθαναν ενωρίς και τον άφησαν ορφανό. Όταν σε ηλικία 13 ετών ξεκίνησε να εργάζεται σε κουρείο, εμφάνισε τα πρώτα σημεία της νόσου Χάνσεν, δηλ. της λέπρας. Αναχώρησε για την Αίγυπτο, λόγω του ότι τα σημάδια της ασθένειάς του γίνονταν ολοένα και πιο εμφανή, και δεν ήθελε να κλειστεί στο νησί της Σπιναλόγκας, όπου εγκαταβιώσαν τότε οι λεπροί.
Αργότερα, με τη μεσολάβηση ενός κληρικού, αναχώρησε από την Αλεξάνδρεια για το νησί της Χίου, όπου έφθασε το 1914, σε ηλικία 24 ετών και εισήχθη στο λεπροκομείο. Ο Νικόλαος σύχναζε στο εκκλησάκι του Αγίου Λαζάρου. Εκεί γνώρισε τον μετέπειτα Άγιο Άνθιμο, ο οποίος αφού διείδε την αγάπη του για την Εκκλησία και την αφοσίωσή του στη μοναχική ζωή, τον έκειρε μοναχό και έλαβε το όνομα Νικηφόρος.
Ο Νικηφόρος ζούσε με γνήσια υπακοή, αυστηρή νηστεία και εργαζόταν στον κήπο του νοσοκομείου. Προσευχόταν τη νύχτα ώρες ατελείωτες, προσπαθώντας να έχει καλή γνώμη για όλους τους ανθρώπους. Το 1957 μεταφέρθηκε με άλλους ασθενείς, στο Αιγάλεω στην Αθήνα. Εκεί γνώρισε τον πρώην λεπρό και πρόσφατα αγιοκαταταχθέντα π. Ευμένιο, ο οποίος έγινε υποτακτικός του Αγίου Νικηφόρου.
Πολλοί άνθρωποι συνέρρεαν στο ταπεινό κελλί του, για να ωφεληθούν πνευματικά. Το πρόσωπο του, ενώ ήταν πληγωμένο από τα στίγματα της ασθένειας, εντούτοις έλαμπε από το ανέσπερο φως της Αναστάσεως. Όσοι τον άκουγαν που έλεγε «Ας είναι δοξασμένο το Άγιο Όνομα του Κυρίου Ιησού», αντλούσαν μεγάλη χαρά και ψυχική ειρήνη.
Ο Όσιος Νικηφόρος εκοιμήθη στις 4 Ιανουαρίου του 1964. Το ιερό του σκήνωμα, μετά την ανακομιδή, βρέθηκε εν Αγίω Πνεύματι, άφθαρτο και να ευωδιάζει για την παρηγορία των ανθρώπων.