Οι Τούρκοι απάντησαν με σφαγές των αμάχων σε διάφορες πόλεις, με πρώτη αυτή στις Κυδωνίες Χανίων την 15 Μαΐου 1821.
Παρακινημένοι από αυτό το επεισόδιο, οι Τούρκοι του Ρεθύμνου έκαναν το ίδιο. Μέσα στην πόλη έσφαξαν πάνω από εκατό άοπλους Έλληνες μεταξύ των οποίων τον Χ. Καλλέργη και τον Ιωάννη Δεληγεώργη.
Λεηλάτησαν τα καταστήματα και τα εργαστήρια, αιχμαλώτισαν γυναίκες και παιδιά και φυλάκισαν τον επίσκοπο Ρεθύμνης Γεράσιμο Περδικάρη όπως και τους ηγουμένους των μοναστηριών, άλλους κληρικούς και λαϊκούς και τον ελληνοδιδάσκαλο Ιωάννη.
Επί τρεις μέρες έτρεχαν και στα γύρω χωριά λεηλατώντας και σκοτώνοντας όσους δεν πρόλαβαν να κρυφτούν στα ορεινά. Μέχρι εξήντα άτομα σκοτώθηκαν στο χωριό Περιβόλια, κοντά στο Φρούριο, και πολλούς άλλους στα χωριά Μαγουλά και Μαρουλά, μεταξύ αυτών και τον ιερέα Γεώργιο. Ακόμα και δύο Τούρκοι σκοτώθηκαν μεταξύ τους στη διαμάχη για την κατοχή τριών νεαρών γυναικών.