Προφανώς όχι γιατί οι κατήγοροι πίστευαν πραγματικά πως ο Σωκράτης δεν πίστευε στους θεούς ούτε γιατί τους ενοχλούσε όντως το περίφημο δαιμόνιο, η θεότητα που, όπως έλεγε ο Σωκράτης, κατοικούσε μέσα του και τον συμβούλευε.
Η αρχαία ελληνική θρησκεία δεν είχε ούτε ιερό βιβλίο ούτε δόγμα (άρα ούτε και αιρέσεις) ούτε ιερατείο με ειδική αποστολή τη μεσολάβηση μεταξύ θεών και ανθρώπων. Ιερείς και ιέρειες εκλέγονταν κατά κανόνα για συγκεκριμένη περίοδο κάποιοι πολίτες, με τον ίδιο ακριβώς τρόπο που εκλέγονταν και στα άλλα αξιώματα της πόλεως (με εξαίρεση λίγες συγκεκριμένες λατρείες, όπως τα Ελευσίνια μυστήρια, όπου παραδοσιακά ασκούσαν ιερατικά καθήκοντα συγκεκριμένες οικογένειες). Ήταν συνεπώς σχεδόν αδύνατον να κατηγορηθεί κάποιος για αθεΐα, εφόσον μάλιστα συμμετείχε στις μεγάλες κοινές θρησκευτικές τελετές και δεν τις αμφισβητούσε.
Η συνηθισμένη κατηγορία που επέρριπταν σε κάποιους διανοούμενους ήταν η ασέβεια, δηλαδή ακριβώς η μη συμμετοχή ή, χειρότερα, η υπονόμευση της αξίας των τελετών αυτών. Δίκες για τέτοιες κατηγορίες είχαν υποστεί, μάλλον, ο Αναξαγόρας και ο Πρωταγόρας, αλλά και ο Αισχύλος, ο τραγικός ποιητής. Όπως και σε αυτές τις περιπτώσεις, έτσι και στην περίπτωση του Σωκράτη η θρησκεία αποτέλεσε το πρόσχημα πίσω από το οποίο κρύβονταν οι πολιτικοί λόγοι της δίωξης.
Η κατηγορία για διαφθορά των νέων είχε μεγαλύτερη σχέση με την πραγματική αιτία της δίωξης του Σωκράτη. Ο Σωκράτης ασφαλώς και δεν διέφθειρε τους νέους που τον ακολουθούσαν. Όμως, όπως λέει και ο ίδιος στην κατά Πλάτωνα Ἀπολογία του, τα νέα παιδιά που τον έβλεπαν να ξεσκεπάζει στην αγορά την ψευδή σοφία των σοφιστών και των δημαγωγών, γοητεύονταν από αυτό το "παιχνίδι" που οδηγούσε στην αναζήτηση της ουσίας των πραγμάτων και της αλήθειας. Και, εξίσου φυσικά, οι απειλούμενοι από τον Σωκράτη και τις ενοχλητικές ερωτήσεις του θεωρούσαν πως η γοητεία που ο φιλόσοφος ασκούσε στη νεολαία ήταν "διαφθορά".
Η μήνυση κατά του Σωκράτη έγινε από τον Μέλητο, έναν ποιητή του οποίου μοναδική δόξα αποτελεί το γεγονός ότι υπήρξε κατήγορος του φιλοσόφου. Κατήγοροι ήταν επίσης ο Άνυτος και ο Λύκων. Ο πρώτος ήταν πλούσιος βυρσοδέψης και γνωστός πολιτικός, που είχε εκλεγεί και στρατηγός το 409 και είχε εξοριστεί από τους Τριάκοντα Τυράννους. Ο δεύτερος ήταν ρήτορας.
