Το Υποβρύχιο Γλαύκος κατά την έναρξη του ελληνοϊταλικού πολέμου ήταν σε κατάσταση γενικής επισκευής. Την περίοδο ΜΑΙ 1941 – ΟΚΤ 1944 εξετέλεσε συνολικά 2 πολεμικές περιπολίες.
Το Υ/Β ΓΛΑΥΚΟΣ εν αντιθέσει με τα υπόλοιπα Υ/Β έκανε τις λιγότερες πολεμικές περιπολίες και αυτό διότι λόγω εκτεταμένων βλαβών εστάλη για αναγκαστική επισκευή στη Μάλτα.
Στις 4 Απριλίου 1942 και μετά από συνεχή βομβαρδισμό του λιμένα Βαλέτας από γερμανικά αεροσκάφη προξενήθηκαν ανεπανόρθωτες ζημιές στο Υ/Β με αποτέλεσμα την βύθιση του εντός του λιμένα.
Στον ίδιο βομβαρδισμό εφονεύθησαν ο κυβερνήτης Πλωτάρχης Β.ΑΡΣΑΝΟΓΛΟΥ και ο Ανθυποπλοίαρχος Ι.ΚΩΣΤΑΚΟΣ.
Το υποβρύχιο είχε προλάβει πάντως στις 10/11/1941 βόρεια από τα Χανιά να επιτεθεί με 2 τορπίλες και να βυθίσει το γερμανικό φορτηγό S/S NORBURG.
Κατά τον Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο η Διοίκηση Υποβρυχίων είχε έξι Υ/Β εκ των οποίων βυθίστηκαν τα τέσσερα (Υ/Β ΚΑΤΣΩΝΗΣ Υ-1, Υ/Β ΠΡΩΤΕΥΣ Υ-3, Υ/Β ΤΡΙΤΩΝ Υ-5 και Υ/Β ΓΛΑΥΚΟΣ Υ-6,) και οι απώλειες ανήλθαν σε 108 Αξιωματικούς, Υπαξιωματικούς και Ναύτες.
